終止子和終止密碼子之間存在著重要區別。終止子是一種能夠終止RNA聚合酶轉錄DNA序列的特殊序列，它出現在基因的非編碼區域，并分布在編碼區的上游和下游方向，其作用是調控基因的轉錄過程。而終止密碼子則是在蛋白質合成的過程中出現的信使核糖核酸(mRNA)上的一種三聯體堿基序列，用于決定翻譯的起始和終止位置。

盡管終止子和終止密碼子在表面上看起來相似，但實際上它們是兩個完全不同的概念，沒有任何共同點。終止子發揮作用于轉錄過程中，而終止密碼子則發揮作用于翻譯過程中。

綜上所述，終止子和終止密碼子之間存在著明顯的區別。一個是調控基因的DNA序列，而另一個是在蛋白質合成過程中決定翻譯起止位置的mRNA序列。對于理解基因轉錄和蛋白質合成的過程，區分這兩個概念是非常重要的。