日本歸國報告書章蓋在外交部。具體來說，日本歸國報告書需要在外交部亞洲司檢查章的位置蓋章。同時，也需要在外交部領事司簽發章的位置簽發。在報告書中的每一部分，都需要在相應的頁面底部進行蓋章和簽發。總之，日本歸國報告書的蓋章工作需要在外交部的指定位置進行，以確保報告書的合法性。