長門欲利用自己的力量解決忍界的動蕩局勢，以暴制暴的方式。然而，自來也對此不予接受。為了追溯曉組織頭目的真相，自來也潛入雨忍村，并發現山椒魚半藏已經去世，佩恩成為了新的首領。好奇心驅使下，自來也設法引出了小南。在與一個佩恩對峙時，自來也錯誤地將其誤認為長門，問長門為何發動戰斗。長門表示希望利用自身強大的力量毀滅世界，以此使人們不再為了生存而戰斗，相互幫助。然而，自來也堅決反對這種做法。經過一番激戰后，自來也決定動用仙人模式與徒弟交戰，而長門也召喚了其他兩個佩恩。三位佩恩分別具備獨特的能力，佩恩吸收了自來也的所有忍術，使自來也處于忍術無效的困境下。在撤退途中，得到蛤蟆仙人的建議后，自來也采取了幻術，本以為事情會就此結束。然而，隨后另一個佩恩出現，將自來也的手臂打斷，將其擊飛了十幾米。自來也終于認識到了佩恩的真實身份，但因喉嚨受損無法發聲。他留下了暗號于蛤蟆背上，并最終沉入了大海。