迷航海皇利維坦的蛋孵化方法具體如下：初步步入海皇的囚牢之地，跳入深海之中即可見到海皇的身影。潛至水底深處，會發現一座建筑物。其上放置著幾顆海皇的蛋，然而由于海皇被困在這里，無法自行離去，同時也無法找到孵化酶。海皇向我們傳達完信息后，會改變她的位置，我們須隨其前行，清理掉蓋在沙下的傳送門。使用以上述離子晶體激活該傳送門，并等待海皇演說完畢時，我們將獲得孵化酶。而所需材料可在各個傳送陣之后搜索獲得，每個傳送陣的后方均藏有所需之物。制備完成后，再放回原處等待片刻，即可見到海皇寶寶的降臨。在與海皇會面之后，她會請求我們協助孵化她的孩子，完成此任務后，我們身上的病毒將被徹底清除，同時劇情也即將尾聲。