蒿子桿和茼蒿在葉子形態和花朵特征上存在一些區別。首先，在葉子的形狀上，蒿子桿的葉子呈倒卵形或長橢圓形，長約2到6厘米，寬1到2.5厘米。葉子表面為綠色，背面為淡綠色，呈二回羽狀分裂，側裂片有3到8對，具有披針形、線形或斜三角形的裂片。而茼蒿的葉子長橢圓狀或長橢圓狀倒卵形，長度為8到10厘米，無柄，葉片呈二回羽狀分裂，側裂片有4到10對，裂片形狀為卵形或線形，而上部的葉片相對較小。

其次，在花朵的特征上，蒿子桿的花朵呈頭狀花序，通常有2到8個頭狀花序生長在莖枝的頂端，具有花梗，并聚集成不明顯的傘房花序。有時，頭狀花序也會單獨在莖頂生長。這種花朵的直徑約為0.6到1厘米，顏色為黃色。而茼蒿的花朵也呈頭狀花序，單獨生長在莖頂或少數生長在莖枝的頂端，形成不明顯的傘房花序。花梗較長，約為15到20厘米，花朵的顏色也是黃色。

綜上所述，蒿子桿和茼蒿在葉子形態和花朵特征上存在一些明顯的差異。