黑葉觀音蓮的灰霉病會導致葉子出現黑色斑點或黑色霉點，影響葉子的美觀度，嚴重時甚至會導致葉子逐漸枯萎并掉落。對于黑葉觀音蓮發生灰霉病的防治方法，可以在病害初期使用稀釋1000倍的59%托布津可濕性粉劑噴灑進行防治。

當黑葉觀音蓮在高溫高濕的環境中生長時，容易發生莖腐病。莖腐病會導致植株的根莖部位逐漸腐爛，影響植株的正常生長。為預防和治療莖腐病，可以適當遮陰以降低溫度，同時噴灑適量水分，保持植株濕度，并降低環境溫度。在莖腐病發病初期，也可以使用稀釋1000倍的70%甲基托布津可濕性粉劑噴灑進行防治。

黑葉觀音蓮的切根蟲害主要危害其新葉和根群，這種蟲害會吞噬葉子和根部，導致葉子停止生長或缺失，并使根部受損，最終影響植株的生長甚至導致死亡。為預防和治療切根蟲害，應及時采取防治措施，如使用米樂爾、螺通殺、噴敵百蟲等殺蟲劑，或使用谷糠配制的毒餌進行誘殺。另外，也可以修剪已被蟲害感染的部位，以防止病蟲繼續傳播。

黑葉觀音蓮受到蚜蟲的危害時，會接觸傳播花葉病，影響葉子的生長，導致葉片逐漸干枯脫落。為了防治蚜蟲害，在發病初期可以使用稀釋1000倍的40%氧化樂果乳油噴灑殺蟲劑進行防治。