除同位素峰外（同位素天然豐度及豐度比可以參考Beynon表），部分重排反應還可以產生棒圖的M-1、M-2、M 1和M 2等更大質荷比離子。通常情況下，確定分子離子峰有一定的規則可循，有時還需要根據特殊情況來確定。構成分子離子峰的三個必要條件如下：首先，在質譜圖中一般是具有最高質量的離子；其次，離子必須是奇電子離子；最后，在高質量區域，它應能合理地失去中性碎片以產生重要的碎片離子。