真菌一般可以分為酵母菌、霉菌和蕈菌。酵母菌是一種由單細胞組成的微小真菌，不屬于系統演化分類單位。它們是肉眼看不見的微生物，可以將糖分解成酒精和二氧化碳。酵母菌廣泛分布于自然界，是一種兼性厭氧微生物，可以在有氧和無氧環境下生存，因此被廣泛應用于天然發酵過程中。霉菌是一種絲狀真菌，通常以“發霉的真菌”來稱呼。它們會形成分枝繁茂的菌絲體，但不像蘑菇那樣能夠產生大型的子實體。在潮濕溫暖的環境中，我們經常可以看到一些物體上生長出肉眼可見的霉菌，形狀可能呈絨毛狀、絮狀或者蛛網狀。蕈菌在英語中被譯作mushroom，通常特指擔子菌中的傘菌，尤其是雙孢菇中的白蘑菇。此外，mushroom還有一個更廣義的意思，指的是能夠形成大型肉質子實體的真菌，與macrofungi意義相同。