制備目的基因有兩種方法，一種是通過“鳥槍法”直接從供體細胞的DNA中分離基因，這是最常用的方法。另一種是人工合成基因，首先以目的基因轉錄的信使RNA為模板，通過反轉錄反應合成互補的單鏈DNA，然后經過酶的作用合成雙鏈DNA，從而得到目的基因。

目的基因是指在實驗中進行研究或操縱的特定基因。在基因克隆過程中，目的基因即是要將特定基因分離、純化、克隆，并轉化到生物體中，以獲得預期的表型性狀，如抗蟲或耐除草劑的基因。