肽鍵是通過氨基酸的α-羧基和α-氨基進行脫水縮合形成的酰胺鍵，化學式為-CO-NH-。多肽鏈由氨基酸通過肽鍵聯結而成，并且肽鍵比較穩定。氨基酸通過肽鍵連接形成的產物稱為肽，最簡單的肽是由兩個氨基酸殘基形成的，稱為二肽。在肽中，氨基酸不再是游離的形態，而是成為氨基酸殘基。一條多肽鏈的一端含有一個游離的氨基，另一端含有一個游離的羧基。因此，一條肽鏈中形成的肽鍵數比氨基酸分子數少一個。每兩個氨基酸分子間進行一次氨基酸脫水縮合反應，就形成一個肽鍵，并且會失去一個水分子。所以，肽鍵數等于氨基酸數減去形成的肽鏈數。