故事的主人公戴斯蒙德·邁爾斯被圣殿武士組織Abstergo綁架，因為他擁有阿薩辛祖先的基因記憶。他們利用記憶回溯設備Animus來讀取戴斯蒙德祖先的記憶，希望找到伊甸碎片的位置，并試圖利用這些神秘物品的力量來統治世界。

在《刺客信條2》的結尾，圣殿武士襲擊了戴斯蒙德所在的阿薩辛基地，導致主角和他的同伴不得不逃亡。故事繼續延續了前作《刺客信條II》，戴斯蒙德作為一名調酒師，與其他三名現代刺客露西、肖恩和瑞貝卡一起逃離了圣殿騎士團的追捕，來到了意大利的蒙特里久尼城市。