玉中的一種常見瑕疵是水線，它是一種透明的淺色條帶，其成因可以分為兩種。第一種成因是礦料形成時就存在的水線，這主要是因為透閃石的含量低于其他部位，而且在透閃石的空隙中摻入了石英顆粒（即二氧化硅顆粒），從而局部透光性增強。這種水線的密度未必低于其他部分，但脆性增強，容易在雕刻過程中發生崩口，拋光時也難以獲得光滑的表面，因此被視為玉中的瑕疵之一。第二種成因是礦料形成時并不存在水線，但經過河流長年沖刷，由于冰凍等自然原因導致局部礦物質流失而形成的水線。這部分水線的密度較低，然而這只是玉工的經驗總結，尚無科學專門論述。青海料中水線比較常見，子料中也存在，但并非絕對，因為好的青海料、俄料和子料都不會有水線問題。